La sociedad aplicó la deducción en la cuota del IS contando a su favor con los informes motivados de la Subdirección General de Fomento de la Innovación Empresarial -órgano del Ministerio de Ciencia e Innovación en el momento del informe-, cuyo contenido técnico-científico cumple con los estándares de excelencia exigidos, y las conclusiones de estos informes vinculantes, emitidos al amparo del artículo 35.4.a) del TRLIS, y por el Ministerio competente en materia de ciencia y tecnología, en los que se calificaron los proyectos como de innovación tecnológica e, incluso, a efectos de la base de la deducción, se indica que corresponden al concepto de diseño industrial e ingeniería de procesos de producción, no pueden quedar desactivadas por la mera voluntad de la Administración tributaria.
Para la aplicación de la deducción en la cuota íntegra por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica, conforme dispone el art. 35.4 TRLIS se asigna a los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación carácter vinculante, que no puede quedar absorbido por otro informe, emitido por el equipo de apoyo informático -dependencia interna de la propia AEAT-, con base en el cual, la Administración tributaria puede considerar que los gastos derivados de la realización de actividades que tengan por objeto el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de innovación tecnológica en la cuota íntegra del impuesto sobre sociedades, aun cuando se trate de proyectos calificados como de tal innovación tecnológica por el Ministerio competente en materia de ciencia, en virtud de dictamen vinculante.
Para el Supremo, el informe a que se refiere el art. 35.4 TRLIS para la deducción por innovación tecnológica vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal concepto, sino también en las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano al que se consulta, hayan sido objeto de evaluación positiva y no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta.
E insistiendo sobre la naturaleza vinculante del informe del Ministerio de Ciencia y Tecnología, que la Administración debe respetar, nada puede ser y no ser al mismo tiempo, es decir, la misma Administración, a través de distintos órganos y dependencias, no puede sostener que una actividad constituye innovación tecnológica y no lo constituye; que una deducción fiscal es procedente y, a un tiempo, no lo es; que un informe que la ley reputa vinculante, sin límites, no es vinculante porque puede ser privado de su valor y eficacia.
Y lo anterior enlaza con la posibilidad, que el Supremo niega, de que un documento interno de los propios funcionarios y que no ha sido presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso y no ha sido sometido a contradicción de las partes en ese mismo proceso, pueda servir para enervar el valor probatorio del dictamen vinculante del Ministerio.
Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, o los requisitos para gozar de un derecho, vinculante por ministerio de la Ley para la Administración emisora -en un sentido amplio y omnicomprensivo-, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración, máxime cuando como sucede en el caso, la Administración que lo niega, no posee conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en definitiva, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración.